ヘッダーやレフトナビに記述されているCSSも、snapp処理時に適用されますか？

いいえ。適用されません。

snappにて取得しているPC側の情報は「PC用商品説明文」と「PC用販売説明文」のみとなります。

CSSを用いたデザインをスマホ側へも適用させる場合は、
CSSの記述が「PC用商品説明文」「PC用販売説明文」に挿入されている必要があります。